midashi


中央のクローバーアイコンをクリックすると、ターゲットmRNAの局所安定二次構造の検討詳細画面が表示されます。
画像:ターゲットmRNAの局所安定二次構造の検討詳細画面
このような画面が表示されます。 dGとは フォールディングによる、ギブスの安定化自由エネルギーです。つまり、mRNAは、一本鎖でフラフラと細胞質中に存在するよりも部分的に二本鎖を形成したほうがエネルギー的に安定であるということです。ですが、mRNAはtRNAなどとは違い、とても長いRNAですので、一つの固定された形をとっているとは考えられません。おそらく、複数の安定な形態の間を揺らいでいるような状態になっていると考えられます。そこで、本システムでは、一定の安定化エネルギーの範囲で複数の構造をシミュレーションしています。その結果として、画面では、複数の構造の候補が表示されます。

画像:構造候補

これらはdG順にならんでおり、siRNAの標的位置はブルーの矢印で5→3方向に描画されています。

画像:構造候補詳細(抑制活性が高い可能性の場合)

たとえば、上図のような場合、 ステムループ構造の先端付近にsiRNA標的部位があります。 このような場合は、下図のように、
画像:構造候補詳細(抑制活性が高い可能性の場合との比較)

siRNA標的部位が相対的にステムループ構造の根元付近に埋まってしまっている場合に比べて、抑制活性が高い可能性が考えられます。ステムループの突端付近が好適で、ステムループの根元付近等、二次構造が込み入った領域は不適です。二次構造画像を出力しているsiRNA設計システムは世界でも珍しいもので、ビジネスベースのシステムでは世界でも弊社のみです。