midashi


第二画面で、もっとも右のアイコン「DNA二重螺旋アイコン」をクリックすると「miRNA-like offtargetの検討詳細画面」にリンクされます。

画像:miRNA用オフターゲット検討詳細画面

これがmiRNA用オフターゲット検討詳細画面です。
左に表示されているのがmiRNA的にmRNAに結合している様子です。デフォルトではDP scoreによってソートされています。 DP scoreとは、 緩く結合している部分のアラインメントのスコアです。 つまり、どれだけきれいにアラインメントが取れているかを示しています。検索は、miRNAの多くが保存領域をターゲットにしていることから標的として、3UTRの配列保存領域のみを対象としています。ここでの保存領域とはUCSCのMultiz17wayを用いており、ヒト・マウス・ラット・チンパンジー・イヌ・トリ・フグ・…などにおいて、高い配列保存が見られている領域のことです。

この画面では、どんなに優れたsiRNAでも、必ず検索ヒットが出てしまうため、明確な基準を持ってsiRNAの採用/不採用を決定することは出来ません。検索の全数(上記の場合はちょうど100件見つかっています)が少なければ少ないほど良いと言う事はできます。 ですが完全一致する遺伝子数が非常に多いが, 実際に影響を受けている遺伝子数はそれよりも少ないという点、さらに、siRNAを高濃度(100nmol〜)でトランスフェクションした場合の知見は多いですが、低濃度でトランスフェクションした場合について十分な議論が為されていないという点から、 5nMから10nMといったin vitroの実験で通常利用される濃度範囲であれば、神経質になる必要性は小さいとも言えます。また、高濃度でsiRNAを投与した場合には、 内在性の細胞にとって必要なmiRNAが使うRISCを外来性のsiRNAが全て消費してしまった結果、細胞に悪い影響がでるという報告もあり、高濃度でのsiRNA実験は全く推奨されません。

miRNA(マイクロRNA)について

microRNA(miRNA)は翻訳レベルでタンパク質の発現を制御している、最近同定された機能性RNAです。活性のある成熟miRNAは真核生物で発現している17〜24塩基の一本鎖RNAで、翻訳やターゲットのmRNAの安定性に影響を与えることが知られています。それぞれのmiRNAは複数の遺伝子を制御していると考えられており、ヒト全遺伝子の1/3以上がmiRNA分子に制御されているかもしれないという予測があります。約380種類のmiRNAをコードしている遺伝子が、すでに哺乳類で同定されています。また、miRNAの90%以上は生物種の間で完全に保存されています。ある遺伝子の発現はそのタンパク質をコードしているmRNAの発現レベルよりも、その遺伝子を制御しているmiRNAのレベルに依存している可能性があるという報告もあります。 microRNAは、短い一本鎖のRNA分子が特定のmRNAをターゲットにしてタンパク発現を妨げるという点で siRNAに似たメカニズムで作用します。しかしながら、miRNAは動植物のゲノムにコードされている内在性の分子であるという点でsiRNAと異なるといえます。



miRNA様オフターゲット効果について

図:offtarget検討画面

microRNA(miRNA)は翻訳レベルでタンパク質の発現を制御している、最近同定された機能性RNAです。活性のある成熟miRNAは真核生物で発現している17〜24塩基の一本鎖RNAで、翻訳やターゲットのmRNAの安定性に影響を与えることが知られています。それぞれのmiRNAは複数の遺伝子を制御していると考えられており、ヒト全遺伝子の1/3以上がmiRNA分子に制御されているかもしれないという予測があります。約380種類のmiRNAをコードしている遺伝子が、すでに哺乳類で同定されています。また、miRNAの90%以上は生物種の間で完全に保存されています。ある遺伝子の発現はそのタンパク質をコードしているmRNAの発現レベルよりも、その遺伝子を制御しているmiRNAのレベルに依存している可能性があるという報告もあります。 microRNAは、短い一本鎖のRNA分子が特定のmRNAをターゲットにしてタンパク発現を妨げるという点で siRNAに似たメカニズムで作用します。しかしながら、miRNAは動植物のゲノムにコードされている内在性の分子であるという点でsiRNAと異なるといえます。