midashi


設計されたsiRNAは特異性の高い順(オフターゲットの可能性が低い順)に表示しています。

同じミスマッチの数でも、ミスマッチの位置がsiRNAの中心付近にある方が、末端部分に集中している場合よりもオフターゲットを起こしにくいと言われています。
ミスマッチポテンシャルとは、ある正規分布に沿って、ミスマッチの位置によって重み付けられた値を加算して得られた数値です。配列の中心付近にミスマッチが集まっているほど、ミスマッチポテンシャルの値は大きくなります。 ミスマッチポテンシャルが大きいということは、siRNAは特異性が高くオフターゲットの可能性が低い、と言えます。 全てのオフターゲット候補遺伝子のミスマッチポテンシャルをそれぞれ計算し、その最小値(もっとも悪い値)を画面に表示しています。 これを単純に図示すると以下のようになります。

例) siRNA s1 に対してのオフターゲット候補

オフターゲット候補遺伝子 A _ ミスマッチポテンシャル 0.6
オフターゲット候補遺伝子 B _ ミスマッチポテンシャル 0.7
オフターゲット候補遺伝子 C _ ミスマッチポテンシャル 0.5
オフターゲット候補遺伝子 D _ ミスマッチポテンシャル 0.4
オフターゲット候補遺伝子 E _ ミスマッチポテンシャル 0.2
オフターゲット候補遺伝子 F _ ミスマッチポテンシャル 0.4


この例の場合、siRNA s1 のミスマッチポテンシャルは全てのオフターゲット候補遺伝子のミスマッチポテンシャルの最小値(もっとも悪い場合)の値である0.2となります。