ネガティブコントロール配列の設計方法

RNAi研究の成否はコントロールにあると言っても過言ではありません。 これまでは、ランダマイズ化によりRISC形成能がないものであったり、或いはあったとしてもオフターゲットの影響が認められるも のが大半でした。

ネガティブコントロールsiRNAには下記の2タイプがあります。
1)万能ネガコン
万能ネガコンは、RISC形成能が高く、既知全遺伝子に対する遺伝子抑制能を低く抑えるように 設計されたsiRNA配列です


1. ヒト・マウス・ラット の既知全遺伝子およびゲノムに対して殆ど相同性を示しません。
2. RISC形成の期待されるネガティブコントロールです。
3. フルRNA、キメラでのご注文が可能です。
4. 既に数千名の研究者へ提供し高い評価を得ております。

どの遺伝子実験にも適用できる、所謂万能ネガコンと言えるものです。細胞実験の siRNA濃度が数十nMと高い場合には、内在性miRNAとRISC形成タンパクの取合い(コン ペティション)が起こり、内在性miRNA排除に伴う副作用が懸念されます。 この副 作用は一般に言われているオフターゲット作用(非標的遺伝子に対する抑制作用)で はありませんが、精密な遺伝子抑制実験では考慮すべきものです。 5nM以下での使 用を推奨しております。

2)スクランブル配列ネガコン
遺伝子抑制実験に用いたsiRNAと同じ塩基比率で、RISC形成能が低く、然も既知全遺伝子に対する遺伝子抑制能が低いsiRNA配列です。
これまでに報告されてきたスクランブル配列は、BLASTを用いた配列設計のため、既知全遺伝子に対するミスマッチ探索が不十分であり、オフターゲット作用を避けることが困難です。RNAi社のスクランブル配列はsiDirectに基づくため、オフターゲット作用の少ないものを選択できます。
RISC形成能が低いため、内在性miRNAとのコンペティションが起こり難く、数十nMの高濃度でも影響は少なくなります。
スクランブル配列ネガコンをご希望のお客様は、弊社までご相談ください。
万能ネガコンとスクランブル配列のネガコンの違いは、RISC形成能の差および万能性の差です。できる限り併用されることを推奨いたします。


弊社の万能ネガコンをご注文のお客様は、ご注文用オーダーフォームのオリゴ名 の欄に、「万能ネガコン」とだけご記入くだされば、配列の欄は空欄で結構です。
スクランブル配列ネガコンをご注文のお客様は、オーダーフォームに「スクランブル配列ネガコン」とご記入の上、 遺伝子抑制実験に用いるsiRNAのオリゴ名をご記入ください。
ネガコン・ポジコンにつきましても、オーダーメード品としての扱いになります。 価格・納期につきましては価格一覧表をご確認ください。

*ポジコンについては、ヒトLaminA/C,ヒトGAPDHが一般的です。